Suočena sa porastom broja tražilaca azila iz susednih zemalja, istočne Evrope i Afrike početkom sedamdesetih godina prošlog veka, tadašnja Socijalistička Federativna Republika Jugoslavija uputila je poziv UNHCR-u da pokrene operaciju u SFRJ. UNHCR je osnovao kancelariju u Beogradu, 1976. godine. Sporazum (Accord de Siege) sa Vladom potpisan je 2. jula 1996. godine.
Agencija je nastavila da pruža pomoć izbeglicama iz trećih zemalja (mandatnim izbeglicama) sve do nasilnog raspada bivše Jugoslavije devedesetih godina prošlog veka i u tom periodu u Srbiju je pristiglo više od 550.000 izbeglica iz bivših jugoslovenskih republika. U toku 1999. godine, više od 200.000 interno raseljenih lica izbeglo je sa Kosova u centralnu Srbiju.
Tokom UNHCR-ovog dijaloga o dugotrajnim izbegličkim krizama u Ženevi u decembru 2008. godine doneta je odluka da se uloži još jedan, poslednji napor i obezbede trajna rešenja za najugroženije izbeglice i raseljena lica iz bivše Jugoslavije u regionu. S tim u vidu, pokrenut je Regionalni program stambenog zbrinjavanja (RSP), koji se u sprovodi u Bosni i Hercegovini, Hrvatskoj, Crnoj Gori i u Srbiji. Nakon intenzivnih diplomatskih aktivnosti i podrške međunarodne zajednice, posebno UNHCR-a, OEBS-a, Evropske komisije, Saveta Evrope i SAD-a, 2010. godine održana je Regionalna ministarska konferencija u Beogradu, čime je zvanično otpočeo proces regionalne saradnje. Od tog datuma, UNHCR je bio posvećen pružanju podrške Regionalnom programu stambenog zbrinjavanja sve do završetka tog programa planiranog u leto 2022. godine.
UNHCR je dao značajan doprinos u izradi prvog zakona o azilu u Republici Srbiji, koji je usvojen 2008. godine. U skladu sa svojim mandatom, UNHCR je nastavio da pruža podršku vlastima u sprovođenju zakonodavnih izmena i izgradnji kapaciteta, kao i direktnu podršku za jačanje postupka azila, pravičan i efikasan postupak azila i obezbeđivanje pristupa teritoriji zemlje i postupku azila licima kojima je potrebna međunarodna zaštita, što su, između ostalog, i zahtevi iz Poglavlja 24. pregovora o pristupanju EU.
Za vreme izbegličke krize u Evropi 2015. godine, UNHCR je podržao Republiku Srbiju u pružanju odgovora na potrebe za zaštitom i humanitarne potreba više od jednog miliona izbeglica, od kojih je najveći broj bio iz Sirije. Nakon ukidanja statusa krize krajem 2016. godine, različiti oblici pomoći prilagođeni su novim potrebama izbeglica i tražilaca azila i odgovoru na te potrebe.
Od početka pandemije KOVID-19, UNHCR je pojačao podršku vlastima i licima o kojima brine UNHCR i obezbedio je zaštitnu opremu i neophodne artikle. Zahvaljujući tome poboljšani su sanitarni uslovi i infrastruktura u centrima za azil i prihvatno-tranzitnim centrima i obezbeđeno je nesmetano pružanje neophodnih usluga.
Podrška UNHCR-a Republici Srbiji do danas premašila je 560 miliona evra (65,8 miliona samo od 2015. godine).