Podstawowym celem UNHCR jest zabezpieczenie praw i dobra uchodźców. Biuro dąży do tego, aby każdy mógł skorzystać z prawa do ubiegania się o status uchodźcy, a także mógł znaleźć schronienie w innym kraju lub wrócić do ojczyzny w godny i bezpieczny sposób.
Czasami jednak uchodźcy nie mogą ani powrócić do ojczyzny, ani pozostać w kraju, który jako pierwszy udzielił im schronienia. Dla tych mężczyzn, kobiet i dzieci o szczególnych potrzebach, UNHCR stworzyło trzecie rozwiązanie: przesiedlenie do państwa trzeciego, gdzie mogą rozpocząć życie od nowa.
Zadaniem UNHCR jest również zapobieganie i zmniejszanie skali bezpaństwowości i ochrona osób bezpaństwowych. Oprócz podstawowej działalności na rzecz uchodźców Komitet Wykonawczy UNHCR oraz Zgromadzenie Ogólne ONZ objęły również pomocą dawnych uchodźców, którzy powrócili do domu, a także osoby wewnętrznie przesiedlone.
We wszystkich swoich działaniach, UNHCR zwraca szczególną uwagę na szczególne potrzeby określonych grup i promuje przyznawanie równych praw kobietom i dziewczętom.