Od czasu jego powstania, na czele Biura Wysokiego Komisarza NZ ds. Uchodźców stało jedenastu Wysokich Komisarzy.
Pierwszym z nich był Gerrit Jan van Heuven Goedhart, holenderski dziennikarz i prawnik, którego osiągnięcia na rzecz uchodźców zostały uznane w 1954 r., kiedy UNHCR zostało po raz pierwszy nagrodzone Pokojową Nagrodą Nobla. Pracę van Heuven Goedhart’a przerwała nagła śmierć w roku 1956. Jego następcą został kolejny dziennikarz, Szwajcar, Auguste Lindt, który wkrótce musiał zmierzyć się z wyzwaniem, jakim była pomoc dla około 200 tysięcy Węgrów uciekających z własnego kraju na skutek zdławienia przez Sowietów węgierskiej rewolucji z 1956 r. Kolejnym po Lindtcie komisarzem został inny Szwajcar, Félix Schnyder, który przekazał to stanowisko Irańczykowi, Sadruddinhowi Aga Khanowi. Aga Khan spędził na czele Biura 12 lat, najdłużej z dotychczasowych Komisarzy, a przed objęciem tego stanowiska pracował wcześniej na rzecz organizacji. Kolejny Wysoki Komisarz, Poul Hertling, był pierwszych z trzech byłych premierów, którzy kierowali Biurem – Rudd Lubbers, oraz obecny Wysoki Komisarz, António Guterres również stali na czele rządów w swoich krajach, odpowiednio Holandii i Portugalii. Ośmioletnia kadencja Hartlinga naznaczona była masowym exodusem z terenów Indochin oraz rozległymi działaniami Biura na Półwyspie Somalijskim oraz Ameryce Środkowej, a także na rzecz afgańskich uchodźców w Azji. Podczas jego kadencji UNHCR została po raz drugi nagrodzona Pokojową Nagrodą Nobla w 1981 r.
Jean-Pierre Hocké, kolejny Szwajcar, był Wysokim Komisarzem w latach 1986-89, na stanowisku którym zastąpił go na krótko norweski polityk Thorvald Stoltenberg. W roku 1990 Wysokim Komisarzem ds. Uchodźców została pierwsza kobieta, Sadako Ogata, która przewodziła organizacji przez kolejne 10 lat. Jej kadencja naznaczona została kryzysem na Bałkanach oraz w regionie Wielkich Jezior i repatriacją 360 tysięcy uchodźców z Kambodży.
W roku 2001, zastąpił ją Ruud Lubbers, były premier Holandii. To podczas jego kadencji nastąpiły jedne z największych w historii Biura repatriacje, w tym ludności do Afganistanu. W 2005 r., na stanowisko Wysokiego Komisarza został wybrany António Guterres, który sprawował tę funkcję przez dwie kadencje (do końca 2015 roku).
