Jednym z priorytetów UNHCR jest wzmacnianie współpracy z organizacjami pozarządowymi. Ponad 75 proc. partnerów UNHCR na świecie to lokalnie działające organizacje pozarządowe. Są one w stanie dostarczyć wiedzy eksperckiej o tym, co dzieje się lokalnie i mają możliwość udzielenia szybkiego wsparcia UNHCR w sytuacjach wymagających natychmiastowej reakcji.
Działania UNHCR na rzecz osób ubiegających się o status uchodźcy jak i samych uchodźców w Polsce realizowane są, tak jak i na całym świecie, właśnie we współpracy z organizacjami pozarządowymi zajmującymi się szerokim zakresem spraw, od pomocy prawnej po kwestie dotyczące edukacji i socjalne. Rola tych organizacji jest nie do przecenienia, w części bowiem uzupełniają one luki w systemie pomocy państwa dla tej szczególnej kategorii cudzoziemców, jak również wspierają i uzupełniają działania władz, tym samym pomagają zaspokajać podstawowe potrzeby uchodźców. Organizacje pozarządowe są cennymi partnerami dla UNHCR, z którymi intensywna współpraca w Polsce istnieje od niemal 20 lat. Dotyczy to w szczególności organizacji świadczących codzienną pomoc prawną na rzecz osób będących w procedurze uchodźczej, jak również wspierających integrację uchodźców w Polsce, do których należą m.in. Centrum Pomocy Prawnej im. Haliny Nieć, Helsińska Fundacja Praw Człowieka, Fundacja Refugee.pl, Caritas Polska – Centra Pomocy Migrantom i Uchodźcom, Centrum Migranta, Fundacja Ocalenie, Polskie Forum Migracyjne, Fundacja „Dzieci Niczyje”, Fundacja Edukacji i Twórczości, Instytut na rzecz Państwa Prawa oraz Klinika Prawa.
UNHCR ściśle współpracuje z wieloma wyżej wymienionymi organizacjami np. w ramach AGD, czyli działań promujących zagadnienia wieku, płci i różnorodności. W latach ubiegłych projekt AGD był wspierany przez Fundację Instytut na rzecz Państwa Prawa. Innym przykładem współpracy UNHCR z organizacjami pozarządowymi jest kontynuowany w 2011 r. projekt monitoringu granic we współpracy z Centrum Pomocy Prawnej im. Haliny Nieć w Krakowie. W ramach tego unikatowego projektu realizowane są systematyczne działania na rzecz niesienia pomocy prawnej osobom ubiegających się o nadanie statusu uchodźcy przebywającym w warunkach detencji, jak również szkolenia dla funkcjonariuszy Straży Granicznej w zakresie praw osób objętych mandatem UNHCR.
W ramach zapobiegania i zwalczania przemocy na tle seksualnym i ze względu na płeć UNHCR w 2010 r. współpracował z Towarzystwem Interwencji Kryzysowej, które zrealizowało specjalistyczne szkolenia dla pracowników socjalnych w Warszawie i Białymstoku pracujących z osobami objętymi ochroną międzynarodową.
