Unia Europejska jest jednym z najważniejszych partnerów UNHCR, dostarczając blisko połowy jego globalnych funduszy. W roku 2010 Komisja Europejska była trzecim największym darczyńcą UNHCR.
Unia Europejska wspiera działania w zakresie ochrony, jak i pomocy, poprzez przeznaczone na ten cel fundusze. UNHCR ściśle współpracuje z różnymi wydziałami Komisji w celu zwiększenia wsparcie udzielanego uchodźcom, osobom ubiegającym się o status uchodźcy i bezpaństwowcom w regionie.
Niektóre fundusze unijne są przyznawane w ramach Europejskiego Funduszu na rzecz Uchodźców, którego UNHCR w Europie Środkowej wielokrotnie był beneficjentem, na potrzeby różnych projektów w ramach Inicjatywa na Rzecz Jakości (Quality Initiative).
Ponadto UNHCR w Europie Środkowej współpracuje z Agencją Praw Podstawowych Unii Europejskiej, z siedzibą w Wiedniu, jak również z Frontexem, Europejską Agencją Zarządzania Współpracą Operacyjną na Zewnętrznych Granicach Państw Członkowskich Unii Europejskiej, z siedzibą w Warszawie.
