حق بر سلامتی از حقوق بنیادین بشری برای همه، از جمله برای پناهندگان است. فراهم ساختن امکان دسترسی پناهندگان به مراقبت‌های بهداشتی درمانی از اولویت‌های اصلی کمیساریا است
کمیساریا از طریق همکاری با وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکیِ دولت ایران از دسترسی تمامی پناهندگان به خدمات حیاتی و نجات‌بخش حوزه سلامت اطمینان حاصل نماید.
مراقبت‌های بهداشتی اولیه
کمیساریای عالی سازمان ملل متحد در امور پناهندگان در ارائه خدمات بهداشتی اولیه رایگان با وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی به تمامی پناهندگان، در سطحی مشابه با ایرانیان، مشارکت می‌کند. خدمات بهداشتی اولیه رایگان شامل واکسیناسیون، داروهای ضروری، خدمات سلامت مادر و کودک، برای تمامی افراد صرف نظر از وضعیت مدرک اقامتیشان در دسترس است.
کمیساریا همچنین از ساخت و ساز و بازسازی پایگاه بهداشت واقع در مناطق با جمعیت بالای پناهنده و مهمانشهرها، پوشش هزینه‌های پرسنل مراقبت‌های ضروری درمانی و آموزش کارکنان بهداشت حمایت می‌کند. از سال 2018 میلادی ، کمیساریا در ساخت و بازسازی 20 پایگاه بهداشت و مرکز جامع سلامت مشارکت نموده است و به طور مستمر از 134 خانه بهداشت در سراسر کشور حمایت کرده است.
تنها در سال 2023، کمیساریا در تامین هزینه حدود 207 پرسنل مراقبت‌های ضروری درمانی در 26 خانه بهداشت واقع در 11 مهمانشهر و در 15 منطقه میزبان پناهندگان در مناطق شهری مشارکت می‌کند.
مراقبت های بهداشتی درمانی سطح دوم و سوم
از سال 2015 میلادی، به عنوان بخشی از توافق همکاری بین کمیساریا، اداره کل امور اتباع و مهاجرین خارجی و سازمان بیمه سلامت ایران، با همکاری وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی، کلیه پناهندگان ثبت شده به طرح ملی بیمه سلامت دسترسی داشته‌اند. پناهندگان دارای بیمه سلامت، می‌توانند مشابه ایرانیان با نرخی کمتر به مراقبت‌های درمانی سطح دوم و سوم دسترسی داشته باشند.
برای هشتمین دوره این طرح ، (از 6 اسفند ماه 1401 تا 5 اسفند ماه 1402)، کمیساریا 100٪ حق بیمه را برای حداکثر 95،000 پناهنده بسیار آسیب پذیر، شامل پناهندگان با بیماری خاص و خانواده هایشان، پوشش می‌دهد. سایر پناهندگان می‌توانند با پرداخت حق بیمه سلامت، خود را بیمه کنند.
من یک پناهنده هستم و در مورد بیمه سلامت سوال دارم
علاوه بر این، کمیساریا در راستای افزایش گستره پوشش حمایت خود، با شرکای خود در زمینه سلامت همکاری می‌کند. این پروژه‌های مشترک شامل ارجاع درمانی و خدمات پیشگیری و کاهش آسیب از طریق جلسات مشاوره فردی و گروهی می‌شود.
کمیساریا برای رسیدگی به نیازهای بهداشت روانی پناهندگانی که به مراکز پذیرش مراجعه می‌کنند، در هر دفتر یک مشاور روانشناختی -اجتماعی استخدام نموده تا به متقاضیان خدمات مشاوره فردی ارائه نمایند
اولویت این فعالیت با قربانیان خشونت مبتنی بر جنسیت است، اگرچه قربانیان شکنجه و آسیب‌های روانی، موارد اقدام برای خودکشی، قربانیان کودک آزاری، افراد دارای اعتیاد و دیگر افراد نیز خدمات مشاوره دریافت می‌کنند. مشاوران روان شناختی -اجتماعی ممکن است در برخی موارد افراد را به دیگر متحصصان و/یا نظام ملی سلامت کشور ارجاع دهند.