با پیچیدهتر شدن بحران‌های بشردوستانه، کمیساریا تعداد و ماهیت سازمان‌هایی که با آنها همکاری می‌کند را گسترش داده است. ما در کمیساریا با تعدادی از نهادهای سازمان ملل متحد که فعالیت آنها مکمل یا در راستای فعالیت‌های ماست، همکاری نزدیکی داریم.
مهم‌ترینِ این سازمان‌ها برنامه جهانی غذا، صندوق کودکان سازمان ملل متحد (یونیسف)، سازمان جهانی بهداشت، برنامه توسعه سازمان ملل متحد و برنامه مشترک سازمان ملل متحد در زمینه ایدز در ایران هستند.
کمیساریا همچنین متعهد به همکاری نزدیک با سایر نهادها در قالب ابتکار عمل «خدمت‌رسانی در قالب یک نهاد» است که هدف آن بهبود اقدامات مشترک سازمان ملل متحد در زمینه‌های توسعه، کمک بشردوستانه و محیط زیست است.
ساعت 21:30 روز دوشنبه 24 آبان هواپیمای حامل واکسن سینوفارم جهت واکسیناسیون پناهندگان افغانستانی در فرودگاه تهران به زمین نشست. از طریق ساز و کار واردات کووکس، سازمان ملل متحد در ایران به دولت کمک نمود تا از پناهندگان در برابر کووید-19 محافظت شود. Photo: © UNICEF Iran/Sayyari/2021
در ایران، کمیساریا با نهادهای شریک سازمان ملل متحد، سازمان‌های مردم نهاد و سازمان‌های بین‌المللی در قالب راهحلهای راهبردی برای پناهندگان افغانستانی همکاری می‌کند. راهحلهای راهبردی برای پناهندگان افغانستانی راهبردِ چهارجانبه‌ی منطقه‌ای چندساله بین کمیساریا و دولت‌های افغانستان، ایران و پاکستان است. راهحلهای راهبردی برای پناهندگان افغانستانی که در سال 2012 میلادی تدوین شده است، چارچوبی را برای همکاری بین دست‌اندرکاران فعالیت‌های توسعه‌محور و اقدامات بشردوستانه مهیا می‌کند تا به نیازهای پناهندگان افغانستانی و جوامع میزبان آنها رسیدگی شود. این راهبرد همچنین یک چارچوب سیاسی منطقه‌ای هدایت‌کننده برای حمایت از پناهندگان افغانستانی و ارائه راه‌حل برای آنها نیز می‌باشد. اهداف اصلی راهحلهای راهبردی برای پناهندگان افغانستانی در ایران متمرکز بر حوزه‌های آموزش، سلامت و معیشت است.
آموزش
کمیساریا عهده‌دار هدایت کارگروه آموزش در ایران است که این کارگروه متشکل از کمیساریا، یونیسف، یونسکو، سازمان امور پناهندگی نروژی و ریلیف اینترنشنال است و سعی در ایجاد هم‌افزایی میان دست‌اندرکاران در سطح گستردهتر بخش آموزش دارد. از آغاز وضعیت اضطراری افغانستان در سال 2021 میلادی، کمیساریا همچنین به عضویت کارگروه آموزش در شرایط اضطراری درآمده که یونیسف مدیریت آن را بر عهده دارد. این کارگروه از تداوم یکپارچگی و هماهنگی میان دست‌اندرکاران اطمینان حاصل می‌کند تا بدین سان بهترین و سریع‌ترین خدمات تکمیلی در اختیار بهره‌مندان قرار گیرد. از زمان شکل‌گیری کارگروه آموزش در شرایط اضطراری، اطلاعات و داده‌های جدید کارگروه آموزش نیز در این بستر ارائه می‌شود.
سلامت
با توجه به آنکه پناهندگان مقیم ایران غالباً اهل کشور افغانستان هستند که از کشورهای واجد شرایط و متعهد به پیشرفت بازار تحت ساز و کار کووکس است، برنامه پوشش بشردوستانه توسط وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی و از طریق فرآیندی مشترک با کمیساریا، سازمان جهانی بهداشت و یونیسف (به مدیریت کمیساریا به نمایندگی از نهادهای بشردوستانه سازمان ملل متحد در ایران) تکمیل و ارسال شد. درنتیجه، در تاریخ 15 نوامبر 2021 میلادی (برابر با 24 آبان 1400) تعداد 1،611،600 دوز واکسن از طریق ساز و کار بشردوستانه کووکس اهدا شد. از سال 2018 میلادی، برنامه مشترک سازمان ملل متحد در زمینه ایدز در ایران سالانه به فعالیت‌های ما برای کاهش آسیب کمک می‌کند که این فعالیت‌ها توسط شرکای ما در میان سازمان‌های مردم‌نهاد اجرا می‌شود. این فعالیت‌ها متمرکز بر اقدامات برون دفتری، جلوگیری از آسیب اجتماعی، آموزش و مشاور روانشناسی و همچنین معرفی به آزمایشگاه، سرپناه و مراکز کاهش آسیب است.
معیشت
کمیساریا به‌طور مستقیم و از طریق شرکای خود، فعالیت‌های مبتنی بر کمک‌های نقدی را اجرا می‌کند تا پناهندگان بسیار آسیب‌پذیر بتوانند نیازهای اولیه و نیازهای حمایتی ضروری خود را برطرف کنند. کمیساریا و دیگر شرکا (سازمان امور پناهندگی نروژی، ریلیف اینترنشنال و برنامه جهانی غذا) از طریق کارگروه کمک نقدی، حمایت‌های نقدی ارائه داده و با یکدیگر جهت تسهیل تاثیرگذاری هر چه بیشتر این منابع موجود همکاری کرده، همچنین از طریق مدیریت موردی مشترک و اشتراک‌گذاری داده‌ها، احتمال دوباره‌کاری را به حداقل می‌رسانند. در ایران، برنامه توسعه سازمان ملل متحد و کمیساریا از نظام‌های ملی حمایت می‌کنند تا دسترسی به خدمات اولیه را تضمین کرده و تاب‌آوری پناهندگان و جوامع میزبان را تقویت کنند تا در نهایت، انسجام اجتماعی و همزیستی مسالمت‌آمیز ارتقا یابد.
وضعیت اضطراری افغانستان و پاسخگویی بین‌سازمانی در ایران
در ماه اوت سال 2021 میلادی، کمیساریا برنامه منطقه‌ای پاسخگویی به وضعیت پناهندگان و افغانستان را آغاز کرد. این طرح بین‌سازمانی با همکاری 10 شریک برنامه ریزی شده که با حمایت از کشورهای میزبان شامل ایران، پاکستان، تاجیکستان، ترکمنستان و ازبکستان، بر روی پاسخگویی هماهنگ به افرادی که احتمالا افغانستان را ترک می‌کنند، تاکید دارد. این برنامه متمرکز بر آمادگی، پاسخگویی اضطراری محدود و حمایت گسترده از برنامه‌های جاری است. در سال 2022 میلادی، کمیساریا و یونیسف، با حمایت دولت جمهوری کره، پروژه‌ای را برای انجام اقدامات در زمینه آب‌وبهداشت و ایجاد زیرساخت‌های آب و بهداشت برای افراد تازه‌وارد افغانستانی در استان‌های شرقی ایران، راه‌اندازی کرده‌اند. در سال 2023 میلادی تحت برنامه پاسخگویی به پناهندگان برای وضعیت افغانستان، 15 سازمان بشردوستانه بین‌المللی برای پاسخگویی به نیازهای حدود 1.5 میلیون پناهنده و افرادی در وضعیت مشابه پناهندگی، افغانستانی‌های دارای دیگر وضعیت اقامتی (شامل افراد تازه‌وارد در سال2023) و 1.44 میلیون نفر از جامعه میزبان که متاثر از این برنامه هستند، درخواست کمک حدودا 198.9 میلیون دلاری ارائه داده‌اند.