בשנת 1954, זכתה נציבות האו"ם לפליטים בפרס נובל לשלום על עבודתה פורצת הדרך באירופה. אך היה זה זמן קצר לפני התמודדות הארגון עם מצב חירום נוסף.
בשנת 1956, במהלך המהפיכה ההונגרית, נמלטו 200,000 בני אדם לאוסטריה השכנה. הכרתם של ההונגרים כ-"פליטים ממבט ראשון" (prima facie), הובילה את נציבות האו"ם לפליטים לפעול למען יישובם מחדש. התקוממות זו ותוצאותיה עיצבו את הדרך בה יטופלו משברי פליטים בעתיד, על ידי ארגונים בינלאומיים.
בשנות ה-60 המאוחרות, תהליכי הדה-קולוניזציה של אפריקה ייצרו את משבר הפליטים הראשון מיני רבים של היבשת. במהלך שני העשורים שלאחריו סייענו גם לעקורים באסיה ובאמריקה הלטינית . בשנת 1981, קיבל הארגון את פרס נובל לשלום בפעם השנייה, עבור פעילות שהפכה לסיוע לפליטים ברחבי העולם כולו.
ראשית המאה ה-21 נפתחה בסיוע שהגישה נציבות האו"ם לפליטים במהלך המשברים העיקריים שהתחוללו באפריקה, במזרח התיכון ובאסיה. בנוסף, נתבקשה נציבות האו"ם לפליטים להשתמש בניסיונה לסייע לאנשים רבים שנעקרו בתוך מדינתם כתוצאה מעימותים פנימיים, ולהרחיב את תפקידה בסיוע לאנשים חסרי אזרחות. במקומות מסוימים בעולם, כמו למשל באפריקה ובאמריקה הלטינית, האמנה משנת 1951, קיבלה חיזוקים נוספים באמצעות מסמכים וכלים משפטיים אזוריים.
צוות נציבות האו"ם לפליטים מונה כיום מעל 17,324 עובדים. עבודתו מתפרשת ב- 135 מדינות ותקציבו, שמנה בשנתו הראשונה 300,000 דולרים אמריקאים, צמח ליותר מ-$8.6 מיליארד דולרים אמריקאים בשנת 2019.
בשנת 2015, ציינו את חגיגות ה- 65 לפעילות הארגון. במהלך שנות קיומו, סייע הארגון לציבור גדול של מעל 50 מיליוני פליטים להתחיל את חייהם מחדש בהצלחה.