Miután 1998-ban hatályba lépett a földrajzi korlátozást megszüntető menedékjogi törvény, a Főbiztosság tevékenységének középpontjába a nemzeti menekültügyi jogszabályok és intézményrendszer fejlesztésének támogatása került. Az UNHCR ezután nagyobb energiát fordított a menekültügy és a migráció területén tevékenykedő kormányzati és civil szervezetek kapacitásának növelését célzó programokra.
Ma a szervezet magyarországi irodája az UNHCR Közép-Európai Regionális Képviseletének keretei között működik. A budapesti székhelyű Regionális Képviselet a térség nyolc államában fejti ki tevékenységét: Bulgáriában, a Cseh Köztársaságban, Horvátországban, Lengyelországban, Magyarországon, Romániában, Szlovákiában és Szlovéniában.
Magyarországi tevékenységével az UNHCR a következő célokat kívánja megvalósítani:
- Biztosítani a menedékkérők számára a lehetőséget, hogy hozzáférjenek a biztonságos magyarországi területhez az EU külső határai mentén (a magyar – ukrán, – szerb illetve – horvát határon) és benyújthassák menedékkérelmüket,
- Elérni, hogy a befogadás és az ellátás körülményei megfeleljenek az elvárt színvonalnak úgy a befogadó állomásokon, mint a menekültellátó rendszer többi intézményében, valamint, hogy az ott tartózkodó menedékkérők és menekültek tiszteletteljes bánásmódban részesüljenek, amely figyelembe veszi az életkorukból, társadalmi nemükből és sokszínűségükből fakadó különleges szükségleteiket,
- Biztosítani a tisztességes és hatékony menekültstátusz-meghatározó eljárást, valamint azt, hogy a nemzeti jog előírásai és a menekültstátuszt megállapító hatóságok tevékenysége összhangban legyen a mérvadó nemzetközi normákkal és színvonallal,
- Megtalálni a megfelelő tartós megoldást a menekültek számára, beleértve a hatékony integrációs és áttelepítési mechanizmusok kiépítését és különösen egy olyan befogadó társadalmi légkör kialakítását, mely elveti a rasszista és xenofób megnyilvánulásokat.
Kevesen tudják, hogy az UNHCR mandátuma a menekültek és belső menekültek védelmezése és támogatása mellett kiterjed a hontalan személyek oltalmazására is. Habár Magyarországon nem élnek jelentős számban hontalanok, az UNHCR figyelemmel kíséri helyzetüket és erőfeszítéseket tesz számuk további mérséklése érdekében.
Mindezen célok elérése érdekében az UNHCR szoros kapcsolatokat ápol és együttműködik a kormányzati és civil szféra érdekelt szereplőivel. Ez az együttműködés számtalan formát ölthet, beleértve a közös projektek megvalósítását, kölcsönös oktatást és regionális tanulmányutakat, közös felméréseket és tanulmányokat, valamint közösen szervezett figyelemfelkeltő rendezvényeket. Egyes esetekben formális megállapodás is alátámasztja az együttműködést, ennek egyik kiemelkedő példája az UNHCR, a Határőrség és a Magyar Helsinki Bizottság által 2006-ban aláírt, határmegfigyelésre vonatkozó háromoldalú megállapodás.