Η Ύπατη Αρμοστεία του ΟΗΕ για τους Πρόσφυγες διοικείται από τη Γενική Συνέλευση του ΟΗΕ και το Οικονομικό και Κοινωνικό Συμβούλιο (ECOSOC).
Η Εκτελεστική Επιτροπή της Ύπατης Αρμοστείας εγκρίνει τα προγράμματα του οργανισμού κάθε δύο χρόνια, καθώς και τον αντίστοιχο προϋπολογισμό. Αυτά παρουσιάζονται από τον Ύπατο Αρμοστή του ΟΗΕ για τους Πρόσφυγες, ο οποίος ορίζεται από τη Γενική Συνέλευση του ΟΗΕ.
Η εντολή μας καθορίζεται από το Καταστατικό της Ύπατης Αρμοστείας του 1950. Το 2003, η Γενική Συνέλευση παρέτεινε την εντολή του οργανισμού «ώσπου να επιλυθεί το προσφυγικό πρόβλημα». Ο Ύπατος Αρμοστής δίνει κάθε χρόνο αναφορά στο Οικονομικό και Κοινωνικό Συμβούλιο και τη Γενική Συνέλευση ως προς το έργο της Ύπατης Αρμοστείας.
Ο Ύπατος Αρμοστής είναι αρμόδιος για τη διεύθυνση και τον έλεγχο της Ύπατης Αρμοστείας. Καθοδηγεί το έργο μας με τη βοήθεια του Αναπληρωτή Ύπατου Αρμοστή, του Βοηθού Ύπατου Αρμοστή για θέματα Προστασίας και του Βοηθού Ύπατου Αρμοστή για θέματα Επιχειρήσεων.
Το Γραφείο του Γενικού Επιθεωρητή διασφαλίζει με τρόπο ανεξάρτητο και επιτηρεί τις δράσεις και τις επιχειρήσεις της Ύπατης Αρμοστείας εκ μέρους του Ύπατου Αρμοστή. Προστατεύει την ακεραιότητα και βελτιώνει την αποτελεσματικότητα των προγραμμάτων και των δράσεών μας. Επίσης, αποτρέπει απάτες ή παραβιάσεις διεξάγοντας εσωτερικούς ελέγχους και έρευνες και παρέχοντας άλλες συμβουλευτικές υπηρεσίες επιτήρησης.
Η Ύπατη Αρμοστεία διαθέτει εθνικό και διεθνές προσωπικό που αριθμεί σχεδόν 20.739 άτομα σε 135 χώρες, με το μεγαλύτερο μέρος των δράσεών της να πραγματοποιούνται στο πεδίο. Η παγκόσμια επιχειρησιακή της δράση έχει γίνει ιδιαίτερα πολύπλοκη και περιλαμβάνει από προσλήψεις νέου προσωπικού και την εγγύηση της ασφάλειάς τους σε επικίνδυνες συνθήκες μέχρι την παροχή κάθε είδους προμηθειών, από ιατρικά είδη ως και τη ναύλωση αεροσκαφών. Ειδικά τμήματα, που εδρεύουν κυρίως στα κεντρικά γραφεία του οργανισμού στη Γενεύη, αναλαμβάνουν την επιτήρηση βασικών τομέων, όπως των επιχειρήσεων, της προστασίας, των εξωτερικών σχέσεων, των ανθρώπινων πόρων και των οικονομικών. Διάφορα περιφερειακά γραφεία λειτουργούν ως γραφεία διασύνδεσης μεταξύ των γραφείων στις διάφορες χώρες και των κεντρικών γραφείων στη Γενεύη.